市交通运输局设7个内设机构：

（一）办公室。负责研究综合交通运输发展重大问题，起草重要报告及综合性文件。负责文秘、档案、信访、机要、保密、政务信息和政务公开、督办、接待、信息、新闻宣传和行业电子政务工作。负责组织重要会议，编写史志。组织办理人大代表建议和政协委员提案。负责对外综合协调工作。负责机关干部人事和教育工作。负责党建、党风廉政、意识形态工作，负责指导监督局属单位开展好党建、党风廉政建设、意识形态工作。负责机关后勤保障工作。

（二）政策法规股。承担综合交通运输体制改革工作，指导协调行业有关改革工作。负责行业法治、精神文明、社会稳定、行业文化建设。负责全市综合交通依法行政管理的指导和实施工作。负责拟订综合交通运输规范性文件草案和规范性文件的合法性审核。负责法律顾问、行政复议和行政应诉等有关法律事务。指导交通运输综合行政执法和队伍建设工作，负责行业执法监督。负责拟订行政审批有关制度、办法和工作规则，并组织实施。负责综合交通运输行政审批事项集中受理和审批服务。负责综合交通运输行政审批工作的统计分析工作。参与民用机场的机场净空等工作。负责地方公路路政管理工作。负责水路行业管理。负责渔船检验和监督管理。

（三）综合规划股。组织编制公路、铁路、水路、民航、综合交通枢纽专项规划。负责上报或出具有关规划和建设项目的意见。负责提出固定资产投资规模、方向和财政性资金安排建议。负责交通基础设施建设项目前期工作。负责交通运输信息化建设工作，承担综合交通运输统计工作，监测分析交通运输运行情况，提供有关信息。负责行业环境保护和节能减排工作。参与拟订物流业发展规划。

（四）综合运输股。拟订综合运输计划并组织实施，协调各种运输方式。承担权限范围内公路、铁路、水路、民航运输市场的监督管理工作。按规定承担物流市场的管理工作。

（五）综合建设股。负责权限内公路、铁路、水路、民航基础设施建设管理和质量监督的行业管理。履行权限范围内的机场行政管理。负责文山通用机场筹建工作，负责组织相关部门开展文山机场规划、选址、预可研、可研、设计、施工等工作。贯彻执行政策、制度、技术标准和实施办法。负责公路建设工程造价管理、招投标管理、实施监督、交竣工验收工作。指导监管环保设计、施工和验收工作。负责监督养护计划执行和养护质量。

（六）安全监管股（应急办公室）。执行有关安全生产法律、法规、政策和标准。负责拟订综合交通运输行业安全生产应急预案并监督实施。负责综合交通运输行业安全生产监督管理工作。依法组织或参与有关事故调查处理工作。负责防灾减灾、自然灾害和重大突发事件处置的组织和协调工作。

（七）资财审计股。负责交通发展资金的筹集、管理、使用和监督，执行相关财税政策。负责预决算、政府采购及资产管理工作。负责机关财务工作，监督所属单位财务工作。负责机关及所属单位的内部审计。

市交通运输局管理的市地方公路管理段、市公路工程质量监督站、市机场筹建处3个事业单位，共核定事业编制26名。